No final do século XV e início do século XVI, as grandes navegações européias em direção à Ásia e América produziram, entre outros efeitos, grande intercâmbio de enfermidades.
A febre amarela era desconhecida na Europa, antes da época da descoberta da América. É possível que a doença seja originária da própria América, embora alguns acreditem que os próprios europeus a levaram para lá, da África.
Em 1493, por ocasião da segunda viagem de Colombo à América, houve uma epidemia no Haiti, possivelmente de febre amarela. Cerca de 80% dos espanhóis morreram. Foi o primeiro contato dos europeus com essa enfermidade. Posteriormente, a doença se tornou bastante conhecida entre todos os conquistadores. Era caracterizada pela coloração amarela da pele do doente (que dá o nome à doença), vômitos negros, fortes dores lombares (como se tivesse levado uma pancada nas costas, na altura dos rins). Entre o terceiro e o quinto dia, a maior parte dos doentes morria.
Chegada de Colombo a América em 1943.
Em 1545, houve uma grande epidemia no México, que talvez tenha sido de febre amarela. Estima-se que na cidade do México morreram 800.000 pessoas, 150.000 em Tlaxcala e 100.000 em Cholula. Em 1598, os ingleses tiveram que abandonar Porto Rico por causa da febre amarela. E bem mais tarde, Napoleão teve que desistir do Haiti e da conquista da América, pois 23.000 dos 30.000 soldados que enviou para lá, morreram de febre amarela.
A primeira descrição detalhada da enfermidade data de 1648. Um cronista da época, Lopez de Cogulludo, descreveu os sintomas da doença, que começava com uma gravíssima e intensa dor de cabeça e de todos os ossos do corpo, tão violenta que parecia que se desconjuntavam e que uma prensa os comprimia. Pouco depois, sobrevinha um calor muito intenso, ocasionando delírios em muitos, mas não em todos. Em seguida, alguns apresentavam-se com vômitos como de sangue podre, e deste, poucos ficavam vivos.
Em geral, no terceiro dia a febre cedia e os doentes pareciam bem, mas não
conseguiam comer nem beber. Depois de mais um ou dois dias, morriam.
O nome "febre amarela" foi dado à doença apenas no
século XVIII, para descrever um de seus sintomas - a coloração
amarela da pele dos doentes. Antes disso, ela recebeu vários outros
nomes, como "golpe de barra", por causa das dores que se sentia
no início e que eram semelhantes às produzidas por uma forte
pancada.
Da América Central, a febre amarela se espalhou pelo mundo, levada pelos navegantes. Atingiu a América do Norte, América do Sul, Espanha, França, Inglaterra e Itália.

Os europeus, ao invadir a América, trouxeram para o novo continente
muitas doenças que mataram milhões de nativos (gravura asteca,
século XVI)
Outra enfermidade que se tornou conhecida na época das grandes navegações foi o cólera. Desde o início das expedições dos portugueses à Índia, eles tomaram conhecimento do cólera que parece sempre ter grassado na região do rio Ganges. Em 1543, por exemplo, houve uma epidemia tão forte, que o escritor Gaspar Correia conta que "todos o dia dobravam sinos, e enterravam mortos de doze a quinze cada dia; e em tanta maneira que mandou o Governador que não se tangessem sinos nas igrejas, para não fazer pasmo à gente".
A doença era chamada de "moryxy" entre os indianos, "hacaiza" entre os árabes, e recebeu o nome de "cholerica passio" entre os médicos, pois se supunha que estava envolvido o humor colérico (bílis amarela). Os sintomas descritos pelo próprio Gaspar Correia e, na mesma época, pelo médico português Garcia de Orta, eram os seguintes: início repentino, fortes dores no abdomen, vômitos, diarréia, sede, câimbras, suor frio, pulso fraco, olhos afundados, coloração azulada sob as unhas das mãos e dos pés. Nada se fazia contra a doença, exceto vomitórios e clisteres. A morte era muito rápida: muitas vezes a pessoa morria poucas horas depois dos primeiros sintomas; outras vezes, durava dois ou três dias.
Nessa época, o cólera não se espalhou pelo mundo. Apenas no século XIX, como veremos mais tarde, a enfermidade produziu sucessivas epidemias na Europa e no restante do mundo, produzindo grande mortalidade.
No final do século XV, a doença que chamamos de sífilis tornou-se conhecida em toda a Europa. Ela chamou a atenção pública, pela primeira vez, durante o cerco que os franceses fizeram à cidade de Nápoles. Por isso, os franceses chamavam a enfermidade de "doença de Nápoles", enquanto os italianos a chamavam de "doença francesa" (morbo galico, em latim). Muitos autores supõem que se trata de doença antiga na Europa, mas que ainda não tinha sido descrita. Outros acham que a enfermidade foi trazida da América, pela frota de Colombo. O escritor espanhol Gonçalo Herñandez de Oviedo escreveu, em 1535:
Muitas vezes na Itália eu ria, ouvindo os italianos nos falarem sobre o mal francês e os franceses chamarem-no de mal de Nápoles. Na verdade, uns e outros acertariam o nome se dissessem o mal dos índios.
Segundo Oviedo, um dos companheiros de viagem de Colombo (Vicente Pinzon), lhe contou que no ano de 1493, quando a esquadra de Colombo regressou à Espanha, a doença começou a se manifestar entre os espanhóis e que já se sabia que ela era transmitida nas relações sexuais. Muitas pessoas morriam, pois "como a doença era coisa nova, não a entendiam nem sabiam curar os médicos". No ano seguinte, os espanhóis enviaram tropas para auxiliar o rei Fernando de Nápoles, contra Carlos VIII da França. Entre os espanhóis devem ter ido vários sifilíticos, e a enfermidade se espalhou entre os franceses e italianos.
Com as viagens dos portugueses à Índia, a enfermidade se espalhou por lá, onde se tornou conhecida como "paranque rere", que significa "a doença do português".
No Brasil, já existia uma doença semelhante à sífilis. José de Anchieta diz que os índios muitas vezes tinham feridas nos órgãos sexuais, e que essa doença era transmitida às mulheres: "Não só se tornam eles feios com o aspecto horrível da moléstia, como também mancham e infeccionam as mulheres com quem se põem em contato".
Segundo Anchieta, essa enfermidade não surgia ao acaso, mas por causa de um costume dos índios. Eles utilizavam certas lagartas finas e peludas, de corpo negro e cabeça vermelha, chamada "socaúna". O veneno dos pelos dessas lagartas fazia inchar a região tocada. Anchieta diz que os índios aplicavam tais lagartas aos órgãos genitais, de tal modo a estimular a ereção. O cronista Gabriel Soares também descreve esse costume dos índios. Anchieta atribui a doença a esse costume. Não é impossível que o microorganismo causador da sífilis tenha passado de uma lagarta à espécie humana, mas nunca foi feito um estudo científico sobre isso.
A febre amarela, o cólera e a sífilis, são doenças atualmente consideradas transmissíveis. No entanto, nada se sabia sobre elas ou sobre outras enfermidades novas, da época.
Outra doença que afetou fortemente as navegações foi o escorbuto. Embora essa doença já existisse antes, foi durante as grandes viagens que se tornou conhecida, produzindo grande terror entre os marinheiros.
Na viagem de Vasco da Gama à Índia, em 1497, entre Moçambique e Sofala, começou a aparecer o escorbuto na tripulação. O cronista Lopes de Castanheda descreve que, depois de transpor o Cabo das Tormentas, Vasco da Gama acreditou já estar encontrando sinais da Índia que procurava. Por isso, colocou o nome de Bons Sinais no rio a que chegou, nas costas de Moçambique, e resolveu consertar aí os seus navios,...
(...) o que foi feito em trinta e dois dias, e o consertaram muito bem: e neste passaram nossos assaz de trabalho com uma doença que lhes sobreveio (parece que do ar daquela região) que a muitos lhes inchavam as mãos, e as pernas e os pés. E com isto lhes cresciam tanto as gengivas sobre os dentes que não podiam comer e apodreciam-lhe, de maneira que não havia quem suportasse o fedor da boca, e com estes males padeciam dores mui grandes, e morreram alguns o que pôs a gente em grande desmaio.
(...) e mais por adoecerem os mais deles de lhe incharem as gengivas e lhes apoderecerem assim como no rio dos bons sinais e faziam-se-lhe medonhas chagas nas pernas e nos braços de que morreram trinta pessoas e os outros tanto montavam como mortos que não se podiam bolir, e com isto ia faltando a água e apertava-se a regra.
Vasco da Gama tinha 148 homens ao partir de Lisboa e retornou com 55. A maior parte dos 93 mortos pereceu de escorbuto. Como se vê, Castanheda acreditava tratar-se de uma doença do próprio local ("do ar daquela região"). João de Barros descreve a enfermidade, à qual não se dava ainda nenhum nome, e a explica de outra forma:
Por espaço de um mês que ali estiveram no corregimento dos navios adoeceu muita gende, de que morreu alguma. A maior parte foi de erisipela e de lhes crescer tanto a carne nas gengivas, que quase não cabia na boca dos homens, e assim como crescia apodrecia, e cortavam dela como em carne morta; coisa muito piedosa de ver. A qual doença vieram depois a conhecer que procedia das carnes, pescado salgado, e biscoito corrompido de tanto tempo.
E foi que de doença crua e feia
A mais que eu nunca vi, desempararam
Muitos a vida, e em terra estranha e alheia
Os ossos para sempre sepultaram.
Quem haverá que sem o ver o creia?
Que tão disformemente ali lhe incharam
As gengivas na boca, que crescia
A carne e juntamente apodrecia.
Apodrecia com fétido e bruto
Cheiro, que o ar vizinho infeccionava.
Não tínhamos ali médico astuto,
Surugião sutil menos se achava:
Mas qualquer neste ofício pouco instruto
Pela carne já podre assim cortava
Como se fora morta; e bem convinha,
Pois que morto ficava quem a tinha.
Esta terrível doença, ao contrário do que se pensou na época, não é causada nem por alimentos podres, nem pelo ar infectado. Trata-se de uma carência nutricional, que atualmente descrevemos como falta de vitamina C. De certa forma, João de Barros estava certo ao associar a enfermidade aos alimentos, mas ninguém na época podia adivinhar a necessidade de frutas e de verduras na alimentação, para evitar o escorbuto.
A reflexão sobre diversas doenças que produziam epidemias na Europa levou alguns médicos a repensarem sobre o contágio. Talvez o mais importante deles tenha sido Girolamo Fracastoro , de Verona (1484-1553).
Como vimos no capítulo anterior, no final do século XVI a sífilis começou a se espalhar pela Europa. Transmitida sexualmente, ela se difundiu com enorme rapidez, por todas as classes sociais. Após o contágio, a enfermidade podia demorar vários meses para se manifestar - o que fazia com que se espalhasse sem ninguém notar. Produzia fraqueza, palidez, frio e dor nos membros, manchas da pele, feridas nos órgãos genitais, pústulas pelo corpo, queda de cabelo, feridas profundas e incuráveis, úlceras nos olhos, deformidades e, por fim, a morte.

Girolamo Fracastoro
Diz-se que a sífilis até mesmo influenciou a moda: o surgimento das perucas teria sido o resultado do grande número de nobres carecas, por causa dessa doença. Embora não produzisse efeitos tão rápidos quanto as pestes, tornou-se um enorme problema social e apavorou a população.
Em 1530, poucas décadas após o surgimento da doença na Europa, Fracastoro publicou uma famosa obra, na qual introduziu o próprio nome da enfermidade: Syphilis, sive Morbus Gallicus ("Sífilis, ou doença francesa"). Este curioso livro tem um estilo pouco comum em obras médicas: é escrito em versos, com estilo literário. Tudo indica que Fracastoro se inspirou na obra de Lucretius, "De rerum natura", também em versos, para compor seu trabalho. As próprias idéias de Fracastoro, como veremos, possuem semelhança com as de Lucretius.