A formação básica de Paracelso era alquímica - a química da época. Familiarizado com muitas substâncias que não eram utilizadas pelos médicos, ele as introduziu em seus tratamentos. Foi por sua influência que se começou a utilizar chumbo, enxofre, ferro, arsênico, sulfato de cobre e sulfato de potássio, dando início a uma farmacopéia mais baseada em minerais do que em substâncias orgânicas.
Paracelso interessou-se pouco pela anatomia, que florescia na época. O corpo humano, para ele, era um tipo de laboratório alquímico, regido por um princípio vital misterioso, ao qual deu o nome de Archeus. Esse princípio, localizado na região do estômago, dirigia o processamento dos alimentos, separando a parte boa para o organismo da parte maléfica. Esse mesmo princípio eliminava as substâncias já utilizadas pelo organismo, através das excreções. Quando ocorria alguma perturbação do Archeus, a separação não era bem feita e o corpo podia se envenenar, ou começar a acumular "tártaro" - o resíduo dos processos orgânicos. Isso seria uma das mais importantes causas das enfermidades.
A ênfase na utilização da alquimia na medicina faz de Paracelso o iniciador de uma corrente que, depois, foi chamada de "iatroquímica" - a medicina química.
Outro pensador médico pouco posterior, que pode ser enquadrado na linhagem de Paracelso, foi Jan Baptista Van Helmont (1577-1644). Como outras pessoas da época, Van Helmont se decepcionou com a medicina que era praticada e procurou novos caminhos.
Aos 24 anos, antes de se tornar um famoso médico e alquimista, Van Helmont contraiu sarna e procurou a ajuda de dois famosos médicos. Os médicos, como era usual na época, seguiam a corrente humoral e, como o próprio Van Helmont conta, logo afirmaram conhecer a causa do problema:
Os médicos (...) julgaram que existia em mim uma abundância de cólera [bílis] queimada ou seca, juntamente com uma fleugma salgada, de tal modo que havia se desregulado a capacidade do fígado de produzir sangue. Alegrei-me, porque essas coisas que os autores haviam me transmitido eram confirmadas por dois mestres experientes, pois eu, que havia aprendido que na ciência matemática todas as especulações são muito verdadeiras, acreditei que essas coisas eram também comuns e inseparáveis das regras de curar (...).
De acordo com minha antiga credulidade, perguntei que tipo de desregulagem do fígado podia ser essa que, ao mesmo tempo, aquecia a cólera amarela mais do que ela merecia, e também gerava mais fleugma do que devia, percebendo que um ato da mesma raiz e da mesma sanguinificação, não poderia produzir ao mesmo tempo, no mesmo ventre, um produto duplo ou bifurcado - ou seja, emitir abundantemente uma cólera ardente e também uma fleugma fria e aquosa.
Os mestres experientes ficaram em dúvida e se interrogaram com suas sombrancelhas arqueadas, olhando um para o outro. Por fim, o mais jovem deles respondeu que a mesma desregulagem de um fígado inflamado não podia produzir fleugma verdadeira, mas uma fleugma abundando em sal, e a temperatura do sal era quente e fria (...)
Apesar de não ficar muito convencido do valor da teoria, Van Helmont precisava se curar da sarna e aceitou o tratamento recomendado: tomar purgativos, para se purificar.
No sexto dia evacuei quinze vezes. Enquanto isso, eles bendiziam minha transformação, pois meu corpo havia se tornado ão fluido.Depois de mais dois dias, como a coceira não havia aliviado sua crueldade, tomei de novo o mesmo remédio, com uma notável revolta de meu estômago, e ocorreu um processo semelhante de evacuação. Eles disseram que a juventude costumava produzir o desenvolvimento da cólera. E quando viram que apesar disso a coceira e as feridas não estavam diminuindo, decretaram que dois dias depois eu deveria tomar o remédio purgativo pela terceira vez.
Um pouco antes da noite, minhas veias estavam exauridas, meu queixo havia caído, minha voz era rouca, todo o meu corpo estava arruinado e fraco. Era difícil para mim descer de meu quarto e andar, pois meus joelhos quase não me suportavam (...).
Percebi tarde demais que antes dos remédios purgativos meus intestinos eram saudáveis; mas que agora, por falta de apetite e digestão falha, eu havia adquirido muita fraqueza, embora a sarna se mantivesse firme e segura.
Abandonando o tratamento dos grandes médicos, Van Helmont acabou por se curar utilizando enxofre aplicado ao local da sarna.

Jan Baptist van Helmont
Como outros, Van Helmont se dedicou à medicina mas afastando-se da tradição e procurando chegar a um novo tipo de conhecimento. Estudou Paracelso mas também não aceitou suas doutrinas, embora aproveitasse algumas de suas idéias.
A concepção de Van Helmont sobre as doenças é bastante obscura. Ele defendia a existência de dois tipos de princípios vitais no corpo. O mais importante era chamado por ele de "Archeus" (nome que já havia sido utilizado por Paracelso). O Archeus produz a estrutura, a forma, a imagem do organismo. Esse Archeus, segundo Van Helmont, estaria centralizado no estômago ou no fígado, e governaria todo o corpo através de um tipo de alento vital ou ar, que ele denominou "blas". Esse "blas" não seria exatamente igual ao ar que respiramos, mas algo mais espiritual. É semelhante ao conceito grego de "pneuma" ou ao conceito indiano de "prana", que representava ao mesmo tempo a respiração, o alento vital, e também as forças vitais dentro do corpo.
Os processos vitais básicos, segundo Van Helmont, estão associados à fermentação, que transforma os elementos e produz ar. A fermentação, para ele, é algo produzido por certas partículas dotadas de vida. Toda a matéria viva provém de fermentos, que atuam na água e produzem suas sementes. O funcionamento desses fermentos é dirigido pelo Archeus. De certa forma, essas sementes são semelhantes à idéia atual de micróbios - embora diferentes em outros aspectos.
As doenças também seriam processos vitais regidos por fermentos. Como o funcionamento do corpo é regido pelo Archeus, ele é um intermediário no estabelecimento de enfermidades. De certa forma, o Archeus se deixa impregnar por uma "imagem" da doença, que o contamina como um veneno. Ele afirma que essas "imagens" são as sementes dos seres que produzem a doença, ou sementes da natureza corrupta.
Assim como o organismo vivo é movido por um "blas", existe
também um "blas" que é a causa do movimento das estrelas.
Todo o universo é, em certo sentido, um grande organismo. Como as estrelas
atuam através do seu "blas", elas podem influenciar os corpos
terrestres. Por isso, as sementes estão sujeitas a influências
astrológicas. Van Helmont tenta explicar, assim, o efeito dos astros
sobre as enfermidades.
Parece haver uma oscilação entre a idéia de que essas
sementes sejam algo material e a de que sejam algo espiritual, mas em alguns
pontos Van Helmont afirma claramente que são "idéias"
e, portanto, imateriais. Essas "idéias" se implantam no Archeus
e passam a controlar os órgãos e a produzir os sintomas das
doenças. O calor e o frio, os humores e outras coisas que aparecem
nas doenças não são causas, mas efeitos.
O Archeus de uma pessoa ou animal conserva o fermento do qual essa pessoa ou animal nasceu. Por isso, cada pessoa ou animal pode formar outra igual a si mesma, pela reprodução. No entanto, em uma pessoa doente, o Archeus se altera. As sementes das enfermidades podem se prender tão fortemente à força vital do organismo, que podem também passar aos descendentes (doenças hereditárias).
A enfermidade pode surgir sem a influência de nenhum fator físico direto (calor, umidade, etc.), exatamente por ser causada por uma "idéia": "Um medo da peste cria a peste".
A cura também pode ser feita indiretamente, de um modo "magnético", quase mágico. Se uma pessoa se fere, pode-se aplicar um remédio à sua ferida ou então aplicar o remédio sobre o sangue de uma toalha com a qual ele se limpou. Nos dois casos, o remédio produz o mesmo efeito. Existe em Van Helmont um conceito de contágio, mas bem diferente do moderno. Podemos dizer que seu conceito está mais próximo do utilizado na magia do que do nosso, pois as doenças são causadas por idéias imateriais.
No século seguinte, Frederick Hoffmann (1660-1742) irá utilizar algumas idéias semelhantes às de Van Helmont. Ele adota uma visão fisico-química do corpo humano. Hoffmann acredita que as doenças malignas são causadas por um veneno e "surgem de um princípio venenoso diminuto que se multiplica como um fermento, e perverte e atrapalha completamente o movimento do sangue".
À medida que os conceitos químicos iam surgindo, tentava-se
utilizá-los na medicina. François de la Boe (1614-1672), conhecido
como "Sylvius de Leiden", tentou explicar as enfermidades através
das noções de alcalinidade e acidez. Para ele, a fonte das enfermidades
era puramente química, podendo também ser combatida por meios
químicos. Mas tentativas desse tipo eram prematuras e grosseiras, fracassando
completamente.
Ao mesmo tempo em que a química (ou alquimia) adquiria importância
na medicina, a física também começou a conquistar um
espaço nesse campo. Este é o período em que Giordano
Bruno, Galileo Galilei, Johannes Kepler, Simon Stevin e muitos outros pesquisadores
estão procurando construir uma nova física. O médico
Santorio Santorio , de Padua (1561-1636) foi um dos primeiros a estudar alguns
dos aspectos físicos do corpo humano, procurando medir todos os fenômenos
estudados. Ele inventou o termômetro clínico, para comparar de
modo mais objetivo as temperaturas dos doentes e dos sãos; desenvolveu
um relógio para medir a pulsação; e - o aspecto que mais
nos interessa - realizou um estudo sobre a transpiração.
Ao longo de experimentos feitos durante 30 anos, consigo próprio e com outras pessoas, Santorio procurou medir os efeitos da transpiração. Ele pesava diariamente todos os alimentos e bebidas ingeridos e todas as excreções. Observou que, embora o peso da pessoa (adulta) permanecesse praticamente constante, a quantidade de substâncias ingeridas era bem maior do que a quantidade de urina e excrementos. A diferença deveria ser devida à transpiração. Segundo suas medidas, um homem forte e robusto, que realiza exercício físico moderado, que come e bebe oito libras por dia, perde cinco libras de líquido pela transpiração insensível diária.
Até essa época, ninguém havia percebido que a transpiração era tão significativa. Baseando-se em sua descoberta, Santorio imaginou que esse processo deveria ter grande importância para o organismo. De tanto se dedicar a esse estudo, passou a imaginar que toda a saúde dependia unica e exclusivamente da transpiração.
Segundo Santorio, se o corpo retorna todos os dias ao mesmo peso, pois transpira na mesma medida, a saúde se conserva. Mas a saúde declina quando o corpo diminui seu peso ordinário por uma evacuação mais abundante de excrementos ou de urina do que de costume, ou quando, pelo contrário, o peso aumenta pelo motivo inverso. Se depois de alguns dias, o corpo não recupera o seu peso ordinário, seja por uma transpiração copiosa, seja por evacuações sensíveis, deve-se aguardar uma febre ou qualquer outra doença próxima.
Santorio diz que, cuidando da transpiração, por controle do peso dos alimentos, das excreções e do corpo, pode-se manter uma saúde perfeita e chegar aos 100 anos de idade; deve-se no entanto notar que ele próprio só chegou à idade de 75 anos.
De acordo com suas idéias, Santorio recomenda purgantes leves para todo aumento de peso. Ele observa que ligeiros purgativos não diminuem a transpiração, mas "ajudam docemente a se descarregar de um peso inútil". Pelo contrário, os purgativos violentos impedem a transpiração e são por isso considerados extremamente perigosos.
Tudo o que possa perturbar a transpiração é prejudicial à saúde. Segundo Santorio, diversas causas contribuem a parar a transpiração, mas as principais são um frio úmido, uma alimentação viscosa, o jejum, o pavor, as noites inquietas, e evacuações muito abundantes. Santorio tenta explicar a influência do clima na produção da enfermidade, associando essa influência às mudanças da transpiração.

Santorio pesava-se em uma cadeira especial, para calcular a quantidade de
líquido perdido durante a transpiração.
O ar frio sempre tende a suprimir a transpiração, mas se ele é seco, não ocorrem perturbações danosas à saúde. Pelo contrário, em um ar úmido e insalubre ou tempestuoso, a transpiração é retida, e a matéria obstruída pode causar grande desordem e males.
As pessoas robustas transpiram mais durante o dia, no verão, e durante a noite, no inverno. E enquanto que no verão a supressão da transpiração predispõe às febres malignas, no inverno, pelo contrário, ela tem poucas conseqüências, pois a matéria que se transpira é mais azeda no calor do que no frio.
De todas as estações, o outono é para Santorio o menos sadio, "pois a matéria da transpiração é facilmente interrompida e se corrompe facilmente". Para evitar esse duplo mal, deve-se andar bem vestido e usar um regime conveniente. Dessa maneira manter-se-á o corpo sempre com o peso constante.
Através desses estudos, Santorio acaba por reinterpretar a doutrina das epidemias de Hipócrates. O calor, o frio, a umidade e a secura do ar produzem enfermidades, mas não por agirem diretamente sobre os humores corporais e sim modificando a transpiração. A visão de Santorio também se opõe à crença em venenos ou germes do ar produtores de doenças, pois são apenas as condições físicas da atmosfera que produzem a supressão da transpiração e as enfermidades. O processo é puramente físico.
A teoria de Santorio pode ser considerada o início de uma nova corrente na Medicina, tentando estudar o corpo humano como uma máquina, medindo suas propriedades e tentando explicar as doenças apenas pela física. Essa corrente foi mais tarde chamada de "iatrofísica" ou "iatromecânica" - a Medicina física.
Durante o século XVII, a iatrofísica recebeu um grande apoio teórico pelos trabalhos do filósofo René Descartes (1596-1650) e do médico Julian de la Mettrie (1709-1751). Para eles, o corpo humano é uma simplesmente uma máquina material. Todo o funcionamento do corpo deve poder ser compreendido pelas leis da física. Outro pesquisador da época, Giovanni Borelli, analisa a ação dos músculos a partir das leis das máquinas. Como a física estava se desenvolvendo muito, na época, houve certo otimismo com essa corrente de pensamento, mas ela não produziu efeitos relevantes na Medicina.
No início do século XVII foram inventados os primeiros microscópios e telescópios, que logo abriram aos pesquisadores novos universos. No mundo astronômico, tornou-se possível descobrir que a Lua era cheia de montanhas e que Júpiter tinha satélites. No mundo microscópico, descobriu-se uma imensa quantidade de seres minúsculos, que antes eram invisíveis. Foi o desenvolvimento desses estudos que levou a novas hipóteses sobre a causa das enfermidades, no século XVII. Não poderiam existir vermes ou insetos microscópicos capazes de invadir o corpo humano e produzir enfermidades?
Um dos mais influentes autores da época que desenvolveu esse tipo de hipótese foi o padre Athanasius Kircher (1602-1680). O padre Kircher não era médico: foi um intelectual de interesses muito amplos, que se dedicava a todas as novidades científicas da época. Em 1658, ele publicou uma obra denominada "Pesquisa físico-médica sobre a doença contagiosa, que se chama de peste". Nesse livro, Kircher assume que todo tipo de substância ou objeto está continuamente emitindo em todo seu redor partículas que contêm suas propriedades essenciais:

Todo composto natural exala certas emanações de sua natureza
essencial. Não se deve supor neste ponto que elas correspondam às
próprias qualidades, nem a algo propagado pelo objeto em questão
como se fosse por acidente. São realmente, falando estritamente, pequenos
corpos de tamanho excessivamente pequeno, incapazes de serem percebidos mesmo
pela visão mais poderosa. Eles, por assim dizer, são transportadores
das propriedades essenciais e não essenciais que emanam do corpo em
questão, e são idênticos em natureza à totalidade
da coisa da qual eles fluem.
(...)
Todos os tipos de emanações de compostos concordam com a natureza de suas esferas respectivas. Assim, se uma coisa odorífera, saborosa, com mau-cheiro ou desagradável atinge os sentidos, deve-se dizer que isso é a emanação de um composto do mesmo tipo.
Kircher supõe que a partir de todas as substâncias - até mesmo metais, pedras preciosas e outros minerais, vegetais ou animais - saem emanações com suas propriedades. Essas partículas saem principalmente por causa do calor ou fricção, e podem retornar ao corpo se ele for resfriado.
Apesar dessa evaporação contínua dos corpos, eles não diminuem de tamanho, pois "as partículas do ar próximo substituem as que sairam, por causa de uma certa atração natural, e se transformam em um germe da substância nativa do composto" - isso é, o ar adere ao corpo e adquire suas propriedades, deixando de ser ar.
Kircher aplica essa idéia para explicar o contágio das enfermidades. Quando uma pessoa ou animal morre, o corpo é dominado pelo poder que causa sua deterioração e que produz o aparecimento de vermes e da putrefação. Esse poder produz, como todas as outras coisas, um tipo de emanação em volta do corpo, constituída por pequenas partículas. Essas partículas possuem o poder característico da putrefação e da produção de vermes.
O maior poder desse tipo de contágio se manifesta nos cadáveres. Pois, depois que o calor nativo se foi e o domínio dos espíritos naturais foi superado, e quando apenas prevalece a destruição no corpo sem vida, ocorre a seguinte situação: o poder de jurisdição sobre o corpo é agora exercido por aquela coisa que, expalhando-se a todos os órgãos internos e externos, faz o cadáver como um todo se dissolver e destruir. Por trás dessa destruição estão as verdadeiras sementes da praga. E estas, ativadas pelo efeito maléfico da destruição, de dentro e de fora, ou do calor que reside no ar em volta, são propelidas em todas as direções pelas emanações de pequenos corpos acima referidas e logo espalham o contágio em proporção à sua quota de vigor e eficácia. Seja a matéria desses pequenos corpos dotada ou não de vida, logo, pela ação do calor que os banha e que já está infectado com uma sujeira semelhante, separam-se germes incontáveis de pequenos vermes imperceptíveis. Com certeza nascerá um número de vermes igual ao dos pequenos corpos que são transportados com as emanações e por isso pode-se dizer que a emanação é animada, e não lhe falta vida.